Čepkelių rezervatas išsiskiria tundrai ir stepėms būdingomis augalų bendrijomis. Aukštapelkėje vyrauja ištisinį kilimą sudarančios samanos - kiminai, gausūs krūmokšniai: gailiai, viržiai, spanguolės. Durpių klodo storis pelkės gūbryje siekia apie 5 metrus. Medžių ardą sudaro skurdžios pušaitės, plaukuotasis ir karpotasis beržai, kai kur išlikusios didelės atviros plynės. Aukštapelkę juosiančių žemyninių kopose vyrauja brandūs pušynai.
Didelėse giriose ir sunkiai įžengiamuose pelkynuose vis dar galima surasti vietų, kur klesti žmogaus veiklos beveik nesudarkytas savitas laukinės gamtos pasaulis.